Bioinformática y ciencia de datos

El recurso compartido de bioinformática y ciencia de datos (BDS) de la UNMCCC apoya la investigación básica, traslacional y clínica del cáncer proporcionando un conjunto integral de servicios computacionales y analíticos.

Estos servicios incluyen

  • diseño y desarrollo de investigación,
  • análisis de datos de secuenciación de próxima generación (NGS),
  • transcriptómica unicelular y espacial,
  • quimioinformática,
  • informática del cáncer y
  • Metodologías avanzadas de estadística y ciencia de datos.
Imagen de bioinformática

Los miembros del BDS trabajan en estrecha colaboración con la Genómica analítica y traslacional y Bioestadística Recursos compartidos para mejorar la adquisición de conocimientos de NGS y otros datos genómicos y transcriptómicos.

El recurso compartido del BDS

  • proporciona infraestructura crítica para almacenamiento de datos, computación de alto rendimiento y soluciones basadas en la nube, incluida la integración de AWS a través del programa NIH STRIDES, y
  • administra CRIIS, una plataforma informática única sobre el cáncer que integra datos clínicos, genómicos, de registro de tumores y sociodemográficos que se desarrolló en colaboración con una empresa local de análisis de datos con el apoyo de la UNMCCC y el estado de Nuevo México.

Recurso compartido de bioinformática

Jeremy Edwards, doctorado

codirector

Envíe un correo electrónico al Dr. Edwards

Chris Amos, doctor

codirector

Kathryn (Charlie) Brayer, Doctora en Filosofía

Bioinformático, Análisis de datos

Olufunmilola (Funmi) Oyebamiji, MS

Bioinformático, Análisis de datos

Íñigo San Gil, PhD

Especialista en servicios de TI

Xiangjun Xiao, MS

Científico de datos sénior

Centro de investigación del cáncer (CRF): Planta Baja, Sala 100A

Para reconocer el uso de este recurso compartido, incluya lo siguiente en sus publicaciones:

Esta investigación fue parcialmente apoyada por la Subvención de Apoyo al Centro Integral del Cáncer de la UNM NCI P30CA118100 y el recurso compartido Bioinformática y Análisis de Datos de Alta Dimensiones.

Objetivos específicos de bioinformática y ciencia de datos

Objetivo 1: Brindar apoyo informático, analítico y de gestión del conocimiento a través de servicios, tecnologías, equipos y experiencia rentables para apoyar los tres programas de investigación del UNMCCC.

La prioridad del BDS es brindar a los miembros de la UNMCCC acceso a la experiencia en análisis de datos complejos y de alta dimensión, así como brindar apoyo en el software, las necesidades computacionales y el conocimiento integrador necesarios para alcanzar los objetivos de investigación de los tres Programas de Investigación de la UNMCCC. Con los avances en genómica, en particular en genómica espacial, el BDS prevé una mayor necesidad de análisis de datos ómicos complejos.

Mediante un modelo colaborativo, en coordinación con el Grupo de Trabajo sobre Asignación (ATG) y los Recursos Compartidos de Bioestadística (BDS), el BDS ofrece a los investigadores un medio rentable para diseñar estudios y analizar datos complejos y especializados, brindándoles acceso a información sobre métodos y capacidades de análisis de datos especializados. Además, el BDS gestionará el acceso y capacitará a los miembros del UNMCCC en el uso de CRIIS, brindándoles asesoramiento sobre el análisis e interpretación de datos.

Objetivo 2: Desarrollar herramientas y procesos bioinformáticos personalizados adaptados a las necesidades de investigación de la UNMCCC.

El BDS continuará desarrollando herramientas que se ajusten estrechamente a las necesidades de los miembros del Centro Oncológico, en particular en el área de biología espacial. Además, el BDS desempeñará un papel fundamental en la mejora de la utilidad del CRIIS, mediante el desarrollo de una plataforma segura de análisis, almacenamiento y distribución de datos para la información de salud identificable del paciente y los datos genómicos generados por el UNMCCC.

Objetivo 3: Proporcionar educación y promover la conciencia sobre las tecnologías y servicios de bioinformática.

Los directores del BDS contribuyen a un boletín trimestral que destaca y explica los servicios y tecnologías del BDS, y asisten a los usuarios en la preparación de propuestas de subvenciones competitivas que implican análisis de datos complejos o de alta dimensión. Los directores asisten al Programa de Investigación y a otras reuniones del UNMCCC para brindar su experiencia, asesoramiento e información sobre las tecnologías y los servicios disponibles en el BDS, así como actualizaciones sobre nuevos enfoques y metodologías bioinformáticas. El director Edwards participa activamente en el programa de posgrado en Bioinformática de la Escuela de Ingeniería de la UNM y también imparte clases de bioinformática en un curso obligatorio para estudiantes de posgrado.

Profesores y personal

Imagen de EdwardsJeremy Edwards, doctorado

Codirector del Recurso Compartido de Bioinformática y Ciencia de Datos

Catedrático de Química y Biología Química

Catedrático de Ingeniería Química y Biológica

Catedrático de Genética Molecular y Microbiología

Educación y Entrenamiento

Formación postdoctoral en genética, Harvard Medical School

Doctorado en Bioingeniería, Universidad de California San Diego

Maestría en Bioingeniería, Universidad de California San Diego

Licenciatura en Ingeniería Mecánica, Universidad de Texas Arlington

Líneas de Investigación

Bioinformática, tecnologías del genoma, tecnología de secuenciación de próxima generación, biología de sistemas, regulación espacial de vías de señalización.

amos-chris-600px.jpgDr. Christopher Amos

Jefe de Iniciativas de Ciencia de Datos del HSC

Director Adjunto de Población y Ciencia de Datos de la UNMCCC

Codirector del Recurso Compartido de Bioinformática y Ciencia de Datos

Profesor, Departamento de Medicina Interna de la UNM, División de Epidemiología, Bioestadística y Medicina Preventiva

Educación y Entrenamiento

Certificación de la junta, Genética Médica

Capacitación postdoctoral, programa de capacitación interinstitucional en genética médica de los Institutos Nacionales de Salud

Doctorado en Biometría y Genética, Centro Médico de la Universidad Estatal de Luisiana

Maestría en Biometría y Genética, Centro Médico de la Universidad Estatal de Luisiana

Licenciatura en Ciencias, Reed College. 

Líneas de Investigación

El Dr. Amos ha centrado gran parte de su carrera en el desarrollo e implementación de métodos para comprender las influencias genéticas y ambientales subyacentes a la etiología de los cánceres comunes.