Bioinformática y ciencia de datos
El recurso compartido de bioinformática y ciencia de datos (BDS) de la UNMCCC apoya la investigación básica, traslacional y clínica del cáncer proporcionando un conjunto integral de servicios computacionales y analíticos.
Estos servicios incluyen
- diseño y desarrollo de investigación,
- análisis de datos de secuenciación de próxima generación (NGS),
- transcriptómica unicelular y espacial,
- quimioinformática,
- informática del cáncer y
- Metodologías avanzadas de estadística y ciencia de datos.
Los miembros del BDS trabajan en estrecha colaboración con la Genómica analítica y traslacional y Bioestadística Recursos compartidos para mejorar la adquisición de conocimientos de NGS y otros datos genómicos y transcriptómicos.
El recurso compartido del BDS
- proporciona infraestructura crítica para almacenamiento de datos, computación de alto rendimiento y soluciones basadas en la nube, incluida la integración de AWS a través del programa NIH STRIDES, y
- administra CRIIS, una plataforma informática única sobre el cáncer que integra datos clínicos, genómicos, de registro de tumores y sociodemográficos que se desarrolló en colaboración con una empresa local de análisis de datos con el apoyo de la UNMCCC y el estado de Nuevo México.
Recurso compartido de bioinformática
Jeremy Edwards, doctorado
codirector
Envíe un correo electrónico al Dr. Edwards
Chris Amos, doctor
codirector
Kathryn (Charlie) Brayer, Doctora en Filosofía
Bioinformático, Análisis de datos
Olufunmilola (Funmi) Oyebamiji, MS
Bioinformático, Análisis de datos
Íñigo San Gil, PhD
Especialista en servicios de TI
Xiangjun Xiao, MS
Científico de datos sénior
Para reconocer el uso de este recurso compartido, incluya lo siguiente en sus publicaciones:
Esta investigación fue parcialmente apoyada por la Subvención de Apoyo al Centro Integral del Cáncer de la UNM NCI P30CA118100 y el recurso compartido Bioinformática y Análisis de Datos de Alta Dimensiones.
Objetivos específicos de bioinformática y ciencia de datos
Objetivo 1: Brindar apoyo informático, analítico y de gestión del conocimiento a través de servicios, tecnologías, equipos y experiencia rentables para apoyar los tres programas de investigación del UNMCCC.
La prioridad del BDS es brindar a los miembros de la UNMCCC acceso a la experiencia en análisis de datos complejos y de alta dimensión, así como brindar apoyo en el software, las necesidades computacionales y el conocimiento integrador necesarios para alcanzar los objetivos de investigación de los tres Programas de Investigación de la UNMCCC. Con los avances en genómica, en particular en genómica espacial, el BDS prevé una mayor necesidad de análisis de datos ómicos complejos.
Mediante un modelo colaborativo, en coordinación con el Grupo de Trabajo sobre Asignación (ATG) y los Recursos Compartidos de Bioestadística (BDS), el BDS ofrece a los investigadores un medio rentable para diseñar estudios y analizar datos complejos y especializados, brindándoles acceso a información sobre métodos y capacidades de análisis de datos especializados. Además, el BDS gestionará el acceso y capacitará a los miembros del UNMCCC en el uso de CRIIS, brindándoles asesoramiento sobre el análisis e interpretación de datos.
Objetivo 2: Desarrollar herramientas y procesos bioinformáticos personalizados adaptados a las necesidades de investigación de la UNMCCC.
El BDS continuará desarrollando herramientas que se ajusten estrechamente a las necesidades de los miembros del Centro Oncológico, en particular en el área de biología espacial. Además, el BDS desempeñará un papel fundamental en la mejora de la utilidad del CRIIS, mediante el desarrollo de una plataforma segura de análisis, almacenamiento y distribución de datos para la información de salud identificable del paciente y los datos genómicos generados por el UNMCCC.
Objetivo 3: Proporcionar educación y promover la conciencia sobre las tecnologías y servicios de bioinformática.
Los directores del BDS contribuyen a un boletín trimestral que destaca y explica los servicios y tecnologías del BDS, y asisten a los usuarios en la preparación de propuestas de subvenciones competitivas que implican análisis de datos complejos o de alta dimensión. Los directores asisten al Programa de Investigación y a otras reuniones del UNMCCC para brindar su experiencia, asesoramiento e información sobre las tecnologías y los servicios disponibles en el BDS, así como actualizaciones sobre nuevos enfoques y metodologías bioinformáticas. El director Edwards participa activamente en el programa de posgrado en Bioinformática de la Escuela de Ingeniería de la UNM y también imparte clases de bioinformática en un curso obligatorio para estudiantes de posgrado.
Profesores y personal
Jeremy Edwards, doctorado
Codirector del Recurso Compartido de Bioinformática y Ciencia de Datos
Catedrático de Química y Biología Química
Catedrático de Ingeniería Química y Biológica
Catedrático de Genética Molecular y Microbiología
Educación y Entrenamiento
Formación postdoctoral en genética, Harvard Medical School
Doctorado en Bioingeniería, Universidad de California San Diego
Maestría en Bioingeniería, Universidad de California San Diego
Licenciatura en Ingeniería Mecánica, Universidad de Texas Arlington
Líneas de Investigación
Bioinformática, tecnologías del genoma, tecnología de secuenciación de próxima generación, biología de sistemas, regulación espacial de vías de señalización.
Dr. Christopher Amos
Jefe de Iniciativas de Ciencia de Datos del HSC
Director Adjunto de Población y Ciencia de Datos de la UNMCCC
Codirector del Recurso Compartido de Bioinformática y Ciencia de Datos
Profesor, Departamento de Medicina Interna de la UNM, División de Epidemiología, Bioestadística y Medicina Preventiva
Educación y Entrenamiento
Certificación de la junta, Genética Médica
Capacitación postdoctoral, programa de capacitación interinstitucional en genética médica de los Institutos Nacionales de Salud
Doctorado en Biometría y Genética, Centro Médico de la Universidad Estatal de Luisiana
Maestría en Biometría y Genética, Centro Médico de la Universidad Estatal de Luisiana
Licenciatura en Ciencias, Reed College.
Líneas de Investigación
El Dr. Amos ha centrado gran parte de su carrera en el desarrollo e implementación de métodos para comprender las influencias genéticas y ambientales subyacentes a la etiología de los cánceres comunes.