Genómica analítica y traslacional

El ATG es accesible para todos los investigadores de la Universidad de Nuevo México (UNM) y sus instituciones afines. Sin embargo, es fundamental citar el P30CA118100 y mencionar el ATG, así como otros recursos compartidos por el UNMCCC utilizados para generar los datos.

Para dar crédito a nuestras contribuciones, le solicitamos que incluya el siguiente texto en la sección de agradecimientos de sus manuscritos:

Este estudio recibió financiación parcial de la subvención de apoyo al Centro Oncológico Integral de la UNM, NCI P30CA118100, y utilizó el recurso compartido de genómica analítica y traslacional.

Servicios, tecnologías y equipos clave

Secuenciación de ADN y ARN de alto rendimiento. ATG ofrece secuenciación del genoma completo, secuenciación masiva de ARN, ChIP-seq, RIP-seq, análisis de exoma y ARN pequeño mediante el secuenciador Singular Genomics G4. El material de partida puede incluir células, saliva, sangre y muestras patológicas fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFPE) o congeladas.

Secuenciación de células individuales de 10x Genomics. Utilizando el controlador Chromium de 10x Genomics, junto con un contador automático de células Countess II y un disociador Miltenyi gentleMACS Octo para crear suspensiones de células individuales, el personal de ATG prepara las muestras y construye las bibliotecas NGS para la secuenciación de ADN y ARN.

10x Visium-HD y Xenium in situ para el análisis del transcriptoma completo y la expresión génica dirigida. En colaboración con el Repositorio de Tejidos Humanos y Análisis de Tejidos (HTR-TA), el ATG ofrece análisis espacial del transcriptoma completo de tejidos congelados y fijados en formalina e incluidos en parafina (FFPE) mediante las tecnologías de expresión génica espacial Visium-HD y Xenium in situ de 10x Genomics. La expresión génica espacial Visium HD delimita el transcriptoma completo de secciones de tejido enteras, proporcionando contexto morfológico y alta resolución celular. Xenium in situ permite el mapeo subcelular de alto rendimiento de hasta 5,000 genes junto con proteínas multiplexadas dentro del mismo segmento de tejido, obtenido en colaboración con el HTR-TA para la preparación de muestras.

Análisis de datos NGS, scRNA-seq e interacciones con los Recursos Compartidos de Bioestadística y Bioinformática y Ciencia de Datos (BDS). El ATG se coordina con los Recursos Compartidos de Bioestadística y BDS para establecer análisis de control de calidad y desarrollar flujos de análisis de datos para los datos G4-Singular, incluyendo la detección de variantes de un solo nucleótido (SNV) a partir de muestras de ADN, análisis de expresión génica, análisis de variantes a partir de ARN, datos de scRNA-seq, detección de transcritos de fusión a partir de RNA-seq y análisis de variantes del número de copias (CNV). Los archivos procesados ​​se almacenan en nuestra cuenta segura en la nube de AWS y se utilizan para análisis posteriores por parte del personal del ATG o del BDS, utilizando scripts R personalizados. El Director Técnico del ATG, Brayer, desempeña una doble función como bioinformático sénior y enlace con los Recursos Compartidos de Bioestadística y BDS para facilitar el diseño del estudio y el análisis de datos.

Almacenamiento y procesamiento de datos. El ATG mantiene una cuenta de AWS segura, compatible con HIPAA y aprobada por el IRB, donde se pueden almacenar y analizar grandes conjuntos de datos. Todos los datos se anonimizan, se cifran durante la transmisión y se almacenan. Solo los usuarios autorizados tienen acceso, lo que requiere autenticación de dos factores. Para la seguridad de los datos genómicos, el ATG se adhiere a las políticas descritas en las Mejores Prácticas de Seguridad de los NIH para Datos de Acceso Controlado, sujetas a la Política de Intercambio de Datos Genómicos de los NIH.

Otros servicios. El ATG cuenta con un Agilent BioAnalyzer, un fluorómetro Qubit, un Miltenyi gentleMACs Octo Dissociator con calentadores (para generar suspensiones de células individuales a partir de tejido), un contador celular automatizado Countess II y un ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, disponibles para los miembros de UNMCCC. Un robot de extracción de ADN/ARN Qiagen EZ2 está disponible para la extracción automatizada de ácidos nucleicos en grandes volúmenes.

ATG puede secuenciar los siguientes tipos:

• Detección de mutaciones o variantes genéticas.. Esto podría implicar evaluar el nivel de mutaciones genéticas en un tumor, analizar variaciones genéticas específicas en un cáncer o enfermedad en particular, o evaluar cómo responden las células al daño del ADN después de una lesión o tratamiento. Normalmente, esto se logra mediante el uso de secuenciación de paneles de genes específicos para analizar genes relacionados con el cáncer o ciertas enfermedades.
• Estudios de expresión genética.. Perfiles transcripcionales de células, tejidos, organoides o muestras de pacientes, ya sea como células individuales o en cantidades mayores.
• Una gama de ensayos de análisis del estado de la cromatina., desde estudios de metilación del ADN hasta ensayos ATAC y ChIP-seq, están disponibles.
• Estudiando ARN no codificantes como ncRNA, lincRNA, miRNA y tRNA.

Para programar una consulta, póngase en contacto con Kel Cook ( kelcook@salud.unm.edu ) o con Kathryn Brayer ( kbrayer@salud.unm.edu ).

El secuenciador G4 de Singular Genomics

• Secuenciador de extremo emparejado flexible y rápido
• Capaz de producir hasta 1.6 mil millones de lecturas de 2 x 150 pb en 24 horas
• Se puede configurar para una variedad de longitudes de lectura
• Compatible con casi todas las bibliotecas que se pueden secuenciar en instrumentos Illumina.

Para más información: https://www.singulargenomics.com/

El cromo iX de genómica 10x

• Particiones de células o núcleos para secuenciación unicelular
• Captura ARN, proteínas y/o cromatina.
• Ensayo de expresión genética, repertorio de células inmunitarias, accesibilidad a la cromatina, perturbaciones CRISPR.
• Las entradas varían según el ensayo, pero incluyen suspensiones de células vivas, núcleos, células fijadas, tejido congelado y bloques FFPE. Ensayos independientes de especies disponibles

Para obtener más información: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

El analizador de Xenium de genómica 10x

• Plataforma de imágenes de transcriptómica espacial
• Resolución subcelular
• Capaz de capturar hasta 5,000 genes
• Múltiples paneles de genes prediseñados que se pueden personalizar aún más (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

Para obtener más información: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

El CytAssist de genómica 10x

• Facilita los ensayos de transcriptómica espacial de Visium y Visium HD.
• Comience con bloques FFPE o secciones FFPE precortadas y recién congeladas.
• Compatible con secciones teñidas con H&E o inmunofluorescencia

Para obtener más información: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Bioanalizador Agilent: Analice la calidad/cantidad de ADN y ARN utilizando entradas mínimas. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Fluorómetro Qubit II: Cuantificación de ADN y ARN.
• ThermoFisher/Invitrogen Countess II: Cuente las células y cuantifique la proporción de células vivas en una muestra.

• Miltenyi Biotec MACS Octo Disociador suave con calentadores: Disociar muestras de tejido antes de la secuenciación unicelular.
• Qiagen EZ2: Extracción automatizada de ADN y ARN.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. Sistema de PCR en tiempo real con bloques de 96 y 384 pocillos para permitir flexibilidad y facilidad en los análisis de expresión genética.

Hay instrumentos seleccionados disponibles para que los utilicen miembros calificados y capacitados de la comunidad de UNM. Los instrumentos compartidos están disponibles durante el horario laboral habitual y en otros momentos mediante acuerdos especiales. Póngase en contacto con el personal de ATG Facility para obtener más información sobre ensayos y precios.