Servicios, tecnologías y equipos clave
Secuenciación de ADN y ARN de alto rendimiento. ATG ofrece secuenciación de genoma completo, secuenciación masiva de ARN, secuenciación de ChIP, secuenciación de RIP, análisis de exomas y ARN pequeño mediante el secuenciador G4 de Singular Genomics. El material de partida puede incluir células, saliva, sangre y muestras de patología FFPE o recién congeladas.
Secuenciación de células individuales de 10x Genomics. Utilizando el controlador 10x Genomics Chromium, junto con un contador de células automatizado Countess II y un disociador Miltenyi gentleMACS Octo para crear suspensiones de células individuales, el personal de ATG prepara las muestras y construye las bibliotecas NGS para NGS de ADN y ARN.
10x Visium-HD y Xenium in situ para análisis del transcriptoma completo y de la expresión genética específica. En colaboración con el Recurso Compartido del Repositorio de Tejidos Humanos y Análisis de Tejidos (HTR-TA), el ATG ofrece análisis espacial del transcriptoma completo de tejidos frescos congelados y FFPE mediante las tecnologías de expresión génica espacial Visium-HD y Xenium in situ de 10x Genomics. La expresión génica espacial Visium HD delinea el transcriptoma completo de secciones de tejido completas, proporcionando contexto morfológico y alta resolución celular. Xenium in situ permite el mapeo subcelular de alto rendimiento de hasta 5,000 genes junto con proteínas multiplexadas dentro del mismo segmento de tejido, obtenido en colaboración con el HTR-TA para la preparación de muestras.
Análisis de datos NGS, scRNA-seq e interacciones con los recursos compartidos de bioestadística y bioinformática y ciencia de datos (BDS). El ATG se coordina con Bioestadística y Recursos Compartidos del BDS para establecer análisis de control de calidad y desarrollar canales de análisis de datos para los datos de G4-Singular, incluyendo la detección de variantes de un solo nucleótido (SNV) en muestras de ADN, análisis de expresión génica, análisis de variantes en ARN, datos de scRNA-seq, detección de transcripciones de fusión en RNA-seq y análisis de variantes del número de copias (CNV). Los archivos procesados se almacenan en nuestra cuenta segura en la nube de AWS y el personal del ATG o del BDS los utiliza para análisis posteriores mediante scripts R personalizados. El Director Técnico del ATG, Brayer, desempeña una doble función como bioinformático sénior y enlace con Bioestadística y Recursos Compartidos del BDS para facilitar el diseño de estudios y el análisis de datos.
Almacenamiento y computación de datos. El ATG mantiene una cuenta de AWS segura, que cumple con la HIPAA y está aprobada por el IRB, donde se pueden almacenar y analizar grandes conjuntos de datos. Todos los datos se anonimizan, se cifran en tránsito y se almacenan. Solo los usuarios autorizados tienen acceso, lo que requiere autenticación de dos factores. Para la seguridad de los datos genómicos, el ATG se adhiere a las políticas descritas en las Mejores Prácticas de Seguridad de los NIH para Datos de Acceso Controlado, sujetas a la Política de Intercambio de Datos Genómicos de los NIH.
Otros servicios. El ATG cuenta con un BioAnalizador Agilent, un fluorómetro Qubit, un Disociador Octo Miltenyi gentleMACs con calentadores (para generar suspensiones de células individuales a partir de tejido), un contador celular automatizado Countess II y un sistema de PCR cuantitativa ThermoFisher QuantStudio 6 Pro, disponibles para los miembros del UNMCCC. También se dispone de un robot de extracción de ADN/ARN Qiagen EZ2 para la extracción automatizada de ácidos nucleicos de gran volumen.
El secuenciador G4 de Singular Genomics
El cromo iX de genómica 10x
El analizador de Xenium de genómica 10x
El CytAssist de genómica 10x
